为贯彻国务院办公厅关于切实解决建设领域拖欠工程款问题的通知和国务院领导的有关批示精神，财政部、建设部联合出台了《建设工程价款结算暂行办法》（以下简称《办法》）。《办法》出台前，我国建设领域实质上缺少统一的工程价款结算办法，惟一可以依据的是建设银行1989年颁布的《建设银行建设工程价款结算办法》。由于该《建设银行建设工程价款结算办法》主要系以定额、费用计价模式为基础，已不能适应当前贯彻国家标准《建设工程工程量清单计价规范》的要求，因此工程施工合同中有关工程价款的约定与结算等环节的行为需要进一步地规范。《办法》对于建设工程合同价款的约定与调整、工程价款结算及其管理、索赔与现场签证、结算争议处理等有关问题作了规定和要求，旨在通过规范工程合同价款的约定及结算等行为来扼制甚至消除建设领域严重拖欠工程款的现象。《办法》的出台，对于提高工程合同价款约定和风险分担机制的合理性，明确发、承包双方的权利义务，规范工程价款结算和支付行为，最终提高合同履约率等无疑具有较大的积极意义。
但是，《办法》尚存在若干理论及实际操作层面上的缺陷问题，现分析如下：
一、《办法》条款本身所存在的缺陷及其修改建议
1、《办法》第14条第（二）．2项规定：“承包人应在合同约定期限内完成项目竣工结算编制工作，未在规定期限内完成的并且提不出正当理由延期的，责任自负。”此部分存在三个方面的缺陷：一是虽然阐述了承包人应完成项目竣工结算编制工作，但未明确此项目竣工结算编制工作的成果即是竣工结算报告，在与上下文的衔接上容易造成不必要的歧义或猜测；二是对于承包人所编制的竣工结算报告，只作了编制行为的规定，未规定承包人向发包人递交这一行为。而竣工结算报告编制工作的实际完成时间，相对于发包人来讲并无实际的意义，真正能对于发包人引起法律效果是向其递交竣工结算报告的时间。从此条款规定的初衷来看，也应是对于承包人向发包人递交竣工结算报告的时间进行限制的。所以，此处仅仅规定编制行为而未规定递交行为，从内容上说，不够严密。三是此处的规定与第十六条第二款的规定（承包人如未在规定时间内提供完整的工程结算资料，经发包人催促后14天内仍未提供或没有明确答复，发包人有权根据已有资料进行审查，责任由承包人自负）相重复。在承包人殆于实施本条所规定的提交工程结算资料行为时，依据第十六条第二款的规定完全可以得到约束；并且此条款之规定相对于第十六条第二款来说，其合理性和严密性均稍嫌逊色，因此可将此处所规定的内容删除。
2、《办法》第十八条规定：“工程造价咨询机构接受发包人或承包人委托，编审工程竣工结算，应按合同约定和实际履约事项认真办理，出具的竣工结算报告经发、承包双方签字后生效。……”此条款在叙述形式上不够严谨。因为按照《办法》的上下文原意，出具竣工结算报告的主体仅应是承包人或承包人委托的工程造价咨询机构，而本条款的主语却是“接受发包人或承包人委托”的工程造价咨询机构，存在扩大了主语范围的逻辑错误。笔者建议，可将此条款修改为：“工程造价咨询机构可接受发包人或承包人委托，编审工程竣工结算。工程造价咨询机构应按合同约定和实际履约事项认真办理。竣工结算报告经发、承包双方签字后生效。……”当事人一方对竣工结算报告（或对另一方就竣工结算报告的审查意见）有异议的，可将有异议部分向有关部门申请咨询后协商处理；若仍不能达成一致意见的，双方可按合同约定的争议或纠纷处理程序办理。
3、《办法》第十四条第（三）项规定的内容存在不合理情形。该条款规定：“单项工程竣工后，承包人应在提交竣工验收报告的同时，向发包人递交竣工结算报告及完整的结算资料，……”。从建设工程施工的实际情况看，工程具备竣工验收条件，承包人按有关规定向发包人提供完整竣工资料及竣工验收报告后，发包人要在一定时间内组织有关单位验收，并在验收情况的基础上对于验收报告给予认可或提出修改意见。发包人从收到竣工验收报告到正式组织进行验收，需要一段时间（《建设工程施工合同（示范文本）》（以下简称为《工程合同示范文本》）的规定是28天）；对工程进行竣工验收的过程需要一段时间；发包人从验收完毕到对于验收情况进行认可或提出修改意见也需要一段时间（《工程合同示范文本》的规定是14天）；如果发包人对于工程提出了整改意见，承包方根据要求进行整改更需要一段时间。可见，从承包人向发包人提交竣工验收报告到工程验收通过，很可能要经过几十天甚至更长的时间。如果按照《办法》的规定，承包人在向发包人递交竣工验收报告的同时，一并递交竣工结算报告，那么发包人在组织进行工程竣工验收的同时，还要根据本条款的规定对于竣工结算报告进行审查，并根据工程规模的不同分别于20天至60天内提出审查意见。如此，也许会出现发包人对于竣工结算报告审查的完成时间，早于其对于工程竣工验收的完成时间；特别是在发包人对于工程提出修改意见、承包人按照要求进行整改的情形下，更可能会出现发包人对于工程竣工验收的完成时间，晚于其对于竣工结算报告审查的完成时间的情形。工程竣工验收完成时，也许工程竣工结算报告的审查程序早已结束了，但是该工程竣工结算报告的审查是不能反映工程结算最终的真实情况的。因此，该条款的内容至少在某些情况下并不合理。
最高人民法院于2004年10月25日公告公布、于2005年1月1日施行的《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（以下简称为《建设工程合同纠纷解释》）规定了当事人对于建设工程实际竣工日期有争议时分别处理的三种情况，除却发包人拖延验收或未经验收擅自使用建设工程这两种情形外，建设工程经竣工验收合格的，以竣工验收合格之日为竣工日期。可见，即使工程竣工后一次验收成功，自承包人递交竣工验收报告至竣工验收合格之日也需要一定的时间；如果发包人在符合约定日期的情况下最大限度地拖延实施验收工作，则可很容易地将竣工验收合格之日拖至承包人提交竣工验收报告的几十天之后。而按照《办法》上述规定，如果系小一些的建设工程，可能早已超过工程竣工结算报告的审查期限了。在工程是否竣工验收合格尚未确定的情况下，发包人就应完成工程竣工结算报告的审查，从合同履行的权利义务关系上讲，显然并不合理。因此，从《建设工程合同纠纷解释》所规定的相关内容看，《办法》的上述规定亦不能有效的适用。
4、《办法》第十四条第（六）项中规定：“发包人要求承包人完成合同以外零星项目，承包人应在接受发包人要求后7天内就用工数量和单价、机械台班数量和单价、使用材料和金额等向发包人提出施工签证，发包人签证后施工，如发包人未签证，承包人施工后发生争议的，责任由承包方自负。”此条款存在的缺陷是包含“责任由承包方自负”的词语。由于《办法》对于“由承包人自负”之责任的概念并未明确，因此上述词语所表达的意思也不明确。如，是从程序上不允许承包人就相关事项主张权利了呢，还是对于承包人主张权利的实体内容有所限制？抑或进行其他方面的权利限制？总之，此处的责任概念没有明确化。类似“责任自负”的措辞在《办法》第十四条第（二）．1项和第十六条第二款也存在，同样，因对于自负的责任范围不明确，导致相关条款的责任内容得不到确定和落实。
二、《办法》条款中规定不明或难以操作之处
1、《办法》第13条第（三）.1项规定：“根据确定的工程计量结果，承包人向发包人提出支付工程进度款申请时，14天内发包人应按不低于工程价款的60%，不高于工程价款的90%向承包人支付工程进度款。”此处对于“工程价款”的确切含义未作界定。笔者认为，如果在工程合同的履行过程中，出现了合同约定的调整合同价款的因素，或出现了工程变更情形，或出现了合同约定内容以外的零星项目工程内容，且上述情形已得到发包方的确认时，则本条款所述的“工程价款”应包括考虑上述合同价格调整因素后的增量价款。如果上述增量价款在当期工程进度款的支付中，尚不明确或未得到确认，则应在得到确认后的最近的下一期工程进度款项中包括进去，使合同价款与工程的实际进度、实际工程量相符合，从而体现合同的公平原则和等价有偿原则。而本条款中对于工程价款的确切含义未作界定，对于合同价格调整后的增量价款未予考虑，应当说确有欠缺。另外，此处对于工程进度款的支付比例规定的太过绝对。《建设工程合同纠纷解释》已经将承包商的垫资行为作出原则上按有效处理的规定，工程施工合同发承包双方完全可以作出工程进度款的支付少于60%甚至在完成一定的工程量前不支付工程进度款而由承包商完全垫付的约定。所以此处关于工程进度款支付比例的约定，既与当事人意思自治的原则相悖，也与其他的规范性文件相冲突。限于《办法》仅系部门规章，当合同当事人不按照此处规定进行约定时，此规定既不能得到适用，又对于当事人的不予适用行为难能产生实质性的约束作用，因此，此条款在有些情况下缺乏可操作性。
2、《办法》第12条第（三）项规定：“预付的工程款必须在合同中约定抵扣方式，并在工程进度款中抵扣。”此处对于预付工程款抵扣的规定太过绝对，不利于合同当事人在工程施工合同实务中灵活地约定和履行民事权利义务。譬如，某工程施工合同当事人双方，基于一定的信任关系，约定发包方向承包方支付一定数额的预付款项，发包方自愿约定预付款在竣工结算时再予扣回。此条款虽然违反了《办法》的规定，但未违反法律或法规的强制性规定，并且在很大程度上还有利于工程施工合同的正常履行，应该说，此约定是没有法律上的障碍的，不应该予以封杀。《办法》用规范性文件的形式来硬性地设定合同当事人之间的实体权利义务关系，既于法无据，又妨碍了当事人的意思自治。况且，《办法》对于当事人不予执行此类条款的法律后果未予规定，导致此类条款在事实上难以落实；进一步地，即使《办法》规定了不予执行此类条款会导致合同或相应条款无效的法律后果，也因《办法》仅属规章层次而不能产生法律效力。
另外，如本文工程进度款部分所述，《建设工程合同纠纷解释》中，原则上已不再将承包商为建设工程垫付资金行为作无效处理。由此，工程施工合同中是否支付预付款、预付款的比例以及预付款的抵扣事宜，均可由当事人通过约定的方式进行意思自治处理的方式，来排斥《办法》对于上述相关内容所作硬性规定。该司法解释充分体现了根据中国国情和尊重当事人的合意来认定事实和处理纠纷的原则，因此该司法解释的规定是合理的、是有生命力的。而《办法》第12条第（三）项的规定恰恰相反，它将本应属于当事人意思自治范畴的内容通过政府规定的形式强加之于当事人，此规定与我国法律的基本原则不符，与国际上现代司法理念的发展趋势相悖，因此，该条款是不合时宜的，建议将此条款删除。
3、本文第一.4项所述的《办法》第十四条第（六）项，另存在的一个缺陷是，要求承包人对于合同以外的零星项目一定要先取得签证而后施工，否则即责任自负的规定太过绝对。因为，在实际的工程施工实务中，临时出现了合同以外的零星项目工程，发包人要求承包人立即施工，承包人先行着手施工，在零星项目进行过程中再要求发包人签证的情形是国内目前的常见做法，也是为国际惯例所认可的做法，就是将来也难保能够彻底杜绝；并且，发包人在一般的情况下也会对此种事实予以承认并给予签证。如果发包人违反诚信原则不予承认和签证，承包人可采取停工措施及/或通过索赔的渠道来保护自己的权利。当然，索赔能否得到支持要看承包人的证据材料是否充分。《建设工程合同纠纷解释》第十九条规定：“当事人对工程量有争议的，按照施工过程中形成的签证等书面文件确认。承包人能够证明发包人同意其施工，但未能提供签证文件证明工程量发生的，可以按照当事人提供的其他证据确认实际发生的工程量。”该处规定对于施工过程中，因工程设计变更或增加零星工程等多种原因发生的新增工程量，就允许施工人通过提供签证以外的其他证据的形式来主张权利。
对于合同一方当事人殆于作为的法律后果，从纷争处理层面上说，在判定其是否有权主张权利时要严格掌握，如果承包人所提供的证据材料不足以证明该合同以外的零星项目工程系经发包人要求所为这一事实，其权利主张不应得到支持。在引导合同当事人如何签约这一层面上，也可引导当事人对于程序性条款作出严格的约定，以明确双方的责任，督促双方及时地行使权利、履行义务。而在规范性文件的层面上，则不应设立此类硬性的规定，因为当事人之间的权利义务关系，在不违反法律禁止性规定的前提下，应由当事人双方自行设定，而不应由政府代定；如果规范性文件设定了此类实体上的权利义务关系，而当事人却不在合同中作此约定，碍于合同的意思自治原则，也难以从法律的角度课以当事人承担何种法律责任。如此一来，不但此规定起不到规范的作用，而且反显得规范性文件本身丧失了它应有的严肃性和权威性。进一步地，此规定还存在无意中为不讲诚信原则的当事人起到赖账的提醒作用的缺陷，该缺陷更与规范性文件的功能相悖，因为规范性文件应能起到引导当事人按照诚实信用的原则来为民事行为、处理民事关系的功能，而不是相反。
三、关于“工程价款结算”的定义所存在的缺陷
《办法》第二条规定：“本办法所称建设工程价款结算（以下简称工程价款结算），是指对建设工程的发承包合同价款进行约定和依据合同约定进行工程预付款、工程进度款、工程竣工价款结算的活动。”笔者认为，此工程价款结算的定义，存在两个方面的缺陷：一是出现了“结算”定义用“结算”一词来进行界定、“结算”包括“结算”的情形；二是将“对建设工程的发承包合同价款进行约定”界定为属于工程价款结算的范畴，有失允当。
前一个缺陷从形式逻辑上来讲，属于存在逻辑错误。以词语本身来定义其自身的概念，极易出现概念内涵和外延上的重叠与混乱；从词语的实际使用特别是在规范性文件的使用上讲，也容易造成使用上的混乱。实际上我国的语言中好多情况下存在一个词汇多种解释的情形，在一份文件中为了避免此种情形引起不必要的歧义，一般的做法是对该可能有多种解释的词汇作出明确的限定性解释，并且在文件中仅对该词汇用于符合此限定性解释的一种用途。否则，将两个在形式上相同而其内涵与外延却不相同的两个概念用于同一个文件中，就容易会造成混淆，引起歧义。
后一个缺陷是针对我国工程施工合同的惯常做法而言的。以往的法律法规或相关合同文本、以及工作实务中，一般地认为“工程价款结算”并不包括对于工程价款进行约定的环节，而是仅仅特指工程价款的主张、确认及支付活动。如《建设工程合同纠纷解释》第十六条第一款规定：“当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。”就没有将工程价款的“约定”包括在，
“工程价款结算”的概念中。有时甚至将工程价款结算概念限定于工程竣工价款这一个环节。例如《工程合同示范文本》就仅将工程竣工款项的主张、确认及支付环节称为“竣工结算”，而将中间的进度款环节称为“工程进度款的支付”。建设部标准定额司司长陈重就《办法》的出台所作谈话中称：“《办法》主要对工程款预付、工程进度款支付、工程竣工价款结算、合同价款的约定与调整和索赔的方法、程序及时限等进行了规范，以建立一套比较行之有效并符合工程客观需要的工程价款结算与支付制度，意
有利于解决工程款拖欠问题。”谈话将工程竣工价款“结算”与工程款“预付”、工程进度款“支付”及合同价款的“约定与调整”相并列，亦是将工程价款结算概念限定于工程竣工价款这一环节。
《办法》虽然在第二条的定义中，将合同价款进行约定界定为属于“工程价款结算”的范畴，但在涉及工程价款结算的具体内容的规定上，并未将合同价款约定的内容包括进去。如《办法》将第三章“工程价款结算”与第二章“工程合同价款的约定与调整”相并列，足可体现出“工程价款结算”并不包括“工程合同价款的约定”的内容。《办法》第十一条规定：“工程价款结算应按合同约定办理，……”，意指根据“约定”来进行“结算”。如果“工程价款结算”定义的本身包括“工程合同价款约定”之内容，那该条款岂不是陷入“工程价款结算应按工程价款结算办理”的怪圈？鉴于上述分析，笔者建议修改《办法》中的工程价款结算的定义，将“对建设工程的发承包合同价款进行约定”的行为排除在工程价款结算的概念之外。至于《办法》的名称，可改用“《建设工程价款约定与结算暂行办法》”。
四、关于索赔条款的缺陷
《办法》对于索赔事项所作单独规定的条款仅有一个：“发承包人未能按合同约定履行自己的各项义务或发生错误，给另一方造成经济损失的，由受损方按合同约定提出索赔，索赔金额按合同约定支付。”《办法》对于索赔事项的规定至少存在三个方面的缺陷：
1、《办法》对于索赔事项的规定未能明确界定索赔的概念和索赔事项的范围
按照我国工程施工合同的司法理论和实务，一般将工程索赔定义为：“是指当事人在工程施工合同中，根据法律、合同规定及惯例，对并非由于自己的过错，而是属于应当由合同对方承担责任的情况造成，且实际发生了损失的事项，向对方提出的给予补偿的要求。”按照此定义及工程施工合同中实际存在的情形，索赔事项的范围非常广泛。例如我国建设工程施工合同示范文本中就有十几项，其中包括如“因发包人原因暂停施工”、“工程师指令错误”、“工程施工发现地下障碍物”等索赔事项。国际咨询工程师联合会（FIDIC）所提供的《土木工程施工合同通用条件》中，索赔事项范围就更大的多，其99年新版的《土木工程施工合同通用条件》中的索赔事项多达三十几项。实际上，《办法》本身中所涉及到的索赔事项也有许多，只是没有将其明确化。譬如，《办法》第八条第（三）项规定，在出现“法律、行政法规和国家有关政策变化影响合同价款”这一调整合同价格因素时，合同一方就可将此因素作为索赔事项，向合同对方主张增加或减少工程价款。再如，《办法》第十条所规定的工程设计变更价款的调整，亦属于索赔事项。而《办法》虽在该条款中将发承包人未能按合同约定履行自己的各项义务或发生错误，给另一方造成的损失界定为属于索赔事项，但未对索赔一词进行概念上的明确，亦未对索赔事项进行范围上的界定，因此存有缺陷。
2、《办法》该条款的规定仅对合同一方未能按合同约定履行自己的各项义务或发生错误、且合同对于该项索赔事项有赔偿约定的作了规定，而对于其他的索赔情形的赔偿数额或其确定方法未予规定。
实际上，在工程施工合同的履行过程中，除上述情形外，还存在至少两种情形的索赔事项：一是合同一方未能按合同约定履行自己的各项义务或发生错误、且合同对于该项索赔事没有进行赔偿数额约定的情形；二是合同对于该事项履行的权利义务或赔偿权利未作规定，但依据惯例或法律规定应列入索赔范围的索赔事项。因此，《办法》此种规定方式有漏项的缺陷，在形式上不够严密。
3、《办法》没有体现出有专门程序规定的索赔事项与未作专门规定的索赔事项在主张
权利时的程序关系，以及索赔不成时的后续处理程序。
《办法》对于若干索赔事项中权利人主张权利的专门程序做出了有别于《工程合同示范文本》的规定，对于进行一般索赔的程序却未作规定。根据《办法》第二十八条的精神，进行一般索赔的程序仍适用《工程合同示范文本》的规定。此处并不存在问题，笔者所想要阐述的是，《办法》对于索赔程序的规定存在两个方面的缺陷，一是对于其中有专门程序规定的索赔事项与未作专门规定的索赔事项在主张权利时的程序关系没有作出规定。譬如，既然工程设计变更后的增加价款属于索赔事项，那么承包方能否在按照《办法》第十条中专门程序的规定向发包方主张权利后，在预计发包方不会同意其要求时，于，
28天内再按照一般索赔的程序向发包人提出索赔？或者承包方能否在按照《办法》第十条的专门程序向发包方主张权利的同时即另行依照一般索赔的程序向发包人提出索赔？或者干脆不启用专门程序，而直接依照一般索赔的程序向发包人提出索赔？笔者认为，上述答案均是否定的。因为，既然《办法》对于工程设计变更等所涉及的索赔事项的处理程序作了有别于一般索赔程序的专门规定，应当认为此专门规定是与一般的索赔程序并行适用的程序。并且，由于其系专门规定，根据我国的法律原则是具有优先适用的效力的，当事人既不应具有越过此专门规定而直接适用一般程序规定的权利，也不应在殆于根据该专门程序规定的行使权利时具有再依照一般索赔的程序提出索赔的权利。
主张索赔的一方在按照一般索赔程序进行索赔时，如果其要求得不到对方的确认，有权按照合同所规定的争议处理方式提起相应的处理程序，这一点不言而喻。但是，在当事人按照专门程序的规定提出权利要求而得不到对方认可时，再转而根据一般的索赔程序来主张权利能否可行呢？笔者认为，此做法亦不可行。原因是，其一，时间上不允许。因为在按照专门程序提出权利要求得不到对方认可、再转而根据一般的诉讼程序来主张权利时，通常已超过一般索赔程序规定的时限。再以上述工程设计变更所涉及的索赔情形为例。《办法》第十条规定，工程设计变更涉及工程价款调整的，承包人向发包人提出要求确认调整数额的时限是14天，发包人在收到此要求后予以答复的时间亦是14天。而工《工程合同示范文本》第36条的索赔条款中规定，一方向另一方提出索赔意向通知的时间是事件发生后的28天内。从时间关系上可以看出，如果承包方在按照专门程序提出权利要求时稍有迟缓，或者发包方予以答复时提出了要求修改的建议，则极易造成承包方延误根据一般索赔程序提出索赔意向通知的时限、从而丧失根据一般索赔程序进行索赔的权利。其二，如前款所述，当事人在已经依据专门程序向对方主张权利的情况下，再依据与该专门程序并行的一般索赔程序提出权利主张，不符合索赔条款规定的初衷，在程序上不应该得到支持。其三，既然对方当事人在专门程序中对其要求不予支持，则即使提出权利主张一方再转而通过一般的索赔程序提出赔偿请求，对方当事人一般也不会确认，客观上造成其赔偿请求难以实现。
五、与《办法》的适用有关的问题
由于存在以下两个方面的原因，致使《办法》在程序意义上难能得到较好的适用：一是《办法》本身绝大部分的条款并非管理规范性质的条款，而是属于合约性质的条款，属于当事人意思自治内容的范畴，在好多情况下难以硬性的适用；二是《办法》仅属部门规章，难以在涉及工程价款结算纠纷的实务中被列为法院判案的依据；至于各部门将要根据《办法》所制定的具体实施办法，由于其本身系较部门规章更下位的规范性文件，因此就更不会成为法院判案的依据。若要使《办法》起到其预期的效用，能够成为处理涉及工程价款结算纠纷案件的规范性依据，在实现途径上有两个：一是促使当事人将《办法》相关条款纳入具体的工程施工合同条款中；二是将《办法》的部分条款上升到更上位级的规范性文件如法律或行政法规的层次。对于第一个途径，由于《办法》对于当事人部分甚至全部不采用《办法》条款内容的法律责任未予明确，因此即使工程合同当事人未能将《办法》条款纳入其合同条款中，亦难以进行有效的制约。其实，即便《办法》对于当事人部分甚至全部不采用《办法》条款内容的法律责任进行了明确的约束，譬如说，规定新订工程施工合同中未采用《办法》相关条款内容者合同无效或部分无效，此类约束性条款的本身亦不会产生法律效力。因为只有法律或行政法规才能设定据以判定合同无效的条款；规章及其以下的规范性文件即使设定了此类条款，也不会被法院列为判案的依据。可见，在当事人双方所签工程施工合同并不违反法律或行政法规的强制性条款的情况下，如果仅仅其涉及工程价款结算的条款未采用《办法》的相关规定，对于当事人的法律后果并不会产生影响。
同时，工程施工合同当事人能够很轻松地排斥《办法》相应条款的适用。如同《工程合同示范文本》中的条款，虽然对于发、承包双方的行为作了较多的约束性规定，但该若干条款的规定并不能当然地对合同当事人产生约束力，因为现有法律法规并没有禁止当事人排斥示范文本某一或某些条款的适用；相反，当事人可以通过在专用条款中作出特别约定或另行约定的方式来排斥示范文本条款的适用，或改变其适用的条件。经当事人如此特别约定后的工程施工合同，只要不违反法律或行政法规的强制性规定，就不会因为排斥《工程合同示范文本》某一条款的适用，或改变其适用的条件就使其整个合同或合同的某些条款归于无效。同样地，工程施工合同当事人双方在拟定工程价款结算方面的条款时，亦可以通过特别约定的方式，很轻松地排斥《办法》某一或某些条款的适用，及/或更改《办法》某一或某些条款的适用方式、适用程度或适用条件，只要这些特别约定行为不违反法律和行政法规的强制性规定，就同样不会导致合同或合同的某些条款无效。
促使《办法》起到其预期的效用、能够成为处理涉及工程价款结算纠纷案件的规范性依据的第二个途径是将《办法》或其中的部分条款，如对于工程合同的当事人进行宏观管理的强制性条款，上升到更上位级的规范性文件如法律或法规的层次。当然，这要通过相应的立法程序、并须经过一个较长时间的过程方能实现。
虽然存有上述若干方面的缺陷或不当之处，但《办法》毕竟也有其积极的一面或闪光之处。如拖欠工程款的工程不得交付使用的规定；发包人不按合同约定支付工程进度款，双方又未达成延期付款协议，导致施工无法进行，由发包人承担拖欠工程款的同期银行利息违约责任，承包人可停止施工，甚至可以跟发包人协商将该工程折价或向法院申请依法拍卖，并优先获得拍卖或折价的价款的规定；工程竣工后，发、承包双方应及时办清工程竣工结算，否则，工程不得交付使用，有关部门不予办理权属登记的规定等等。上述规定强化了对于工程款拖欠现象的打击力度，对于防范工程款拖欠情形的再度发生，直到了较好的促进和保证作用。
好在，《办法》对于工程价款结算仅只作了原则性的规范，并以暂行性文件的形式出台，此种处理方式为日后对《办法》进行修改及完善提供了便利和可行性。鉴于《办法》已经作出“有关主管部门、地方政府财政部门和地方政府建设行政主管部门可参照本办法，结合本部门、本地区实际情况，另行制订具体办法”的规定，《办法》的一些缺陷或不当之处完全可以通过在制订具体实施办法的过程中进行弥补或部分更改。在各部门、各地区制定出具体实施办法的基础上，可根据不同的情况将其中属于意思自治性质的部分条款直接纳入相关的工程合同文本中，引导当事人采用相关的工程合同文本，使相应条款变成“当事人之间的法律”，从而使《办法》真正地得到适用。
为此，笔者建议，工程施工合同的主管部门应广泛征求各地方、各阶层对于《办法》所存在问题、问题的修改以及《办法》如何适用的意见，并在众多意见的基础上拟定出对于各部门、各地区如何理解《办法》的规定、如何制定《办法》的具体实施办法、如何实现《办法》向合同条款的转化，以及在适用过程中如何避免及改正《办法》本身或《办法》的具体实施办法所存在的缺陷，避免对于《办法》进行硬性运用、错误运用等一系列问题的指导意见，以促使《办法》更好地发挥效能。相信，只要施以必要的修改和完善，再加用之得当，定能使《办法》起到其应有的积极作用。